Chaque année, l'Administration fédérale des contributions (AFC) effectue des contrôles auprès d'entreprises de toutes tailles. Les irrégularités constatées concernent souvent les mêmes situations : mauvais taux, déductions incorrectes, retards de déclaration, oubli d'obligations spécifiques. Dans la majorité des cas, ces erreurs ne sont ni intentionnelles ni le résultat d'une mauvaise gestion. Elles proviennent simplement d'une réglementation complexe et d'un manque de suivi.

Voici les cinq erreurs que nous rencontrons le plus souvent auprès des PME suisses… et comment les éviter.

1. Attendre d'avoir dépassé 100'000 CHF pour penser à la TVA

Une entreprise devient, en principe, assujettie à la TVA lorsqu'elle dépasse 100'000 CHF de chiffre d'affaires annuel provenant de prestations imposables.

Le piège est simple : beaucoup d'entrepreneurs suivent leur trésorerie, mais pas forcément l'évolution de leur chiffre d'affaires. Résultat, le seuil est franchi sans que personne ne s'en aperçoive. Lorsque l'assujettissement intervient avec retard, l'AFC peut demander une régularisation sur les montants qui auraient dû être facturés.

Notre conseil

Surveillez régulièrement votre chiffre d'affaires et anticipez le franchissement du seuil plutôt que d'attendre qu'il soit dépassé. Un simple suivi trimestriel suffit à éviter la surprise.

2. Utiliser le mauvais taux de TVA

Depuis le 1er janvier 2024, trois taux sont applicables en Suisse :

Cela paraît simple… jusqu'au moment où une entreprise exerce plusieurs activités. C'est notamment le cas des restaurants, des centres de formation, des professionnels de la santé, ou des entreprises proposant différents types de prestations. Une erreur de taux peut entraîner une correction lors d'un contrôle, voire un remboursement au client ou un complément à verser à l'AFC.

Notre conseil

En cas d'activité mixte, faites vérifier le traitement TVA de chacune de vos prestations avant votre premier décompte.

3. Déduire une TVA qui ne l'est pas

La récupération de la TVA sur les achats professionnels constitue un avantage important pour les entreprises assujetties. Mais toutes les dépenses ne donnent pas automatiquement droit à la déduction de l'impôt préalable. Les erreurs concernent fréquemment :

Lors d'un contrôle, ces postes sont systématiquement examinés.

Notre conseil

Conservez tous vos justificatifs et vérifiez régulièrement les dépenses pour lesquelles vous récupérez la TVA. Un doute vaut un contrôle interne, pas un rappel de l'AFC deux ans plus tard.

4. Oublier les prestations achetées à l'étranger

Aujourd'hui, presque toutes les PME utilisent des services étrangers : Microsoft 365, Google Ads, Meta Ads, logiciels SaaS, hébergement cloud, prestations de marketing ou de conseil. Dans certaines situations, ces achats doivent être déclarés selon le mécanisme de l'acquisition de services (autoliquidation).

Comme aucune TVA suisse n'apparaît sur la facture, cette obligation passe souvent inaperçue. Pourtant, elle fait régulièrement partie des points contrôlés par l'AFC.

Attention

Si vous dépensez plus de 10'000 CHF/an chez des fournisseurs étrangers de services (SaaS, publicité, marketing), l'autoliquidation devient un vrai sujet. À faire vérifier une fois par un fiscaliste.

5. Déposer les décomptes en retard

Une bonne gestion de la TVA ne consiste pas uniquement à calculer les bons montants. Les délais de déclaration sont tout aussi importants. Un décompte transmis hors délai peut entraîner l'application d'intérêts moratoires et compliquer la gestion comptable de l'entreprise.

Quelques jours de retard peuvent sembler anodins. Répétés pendant plusieurs années, ils représentent un coût qui aurait facilement pu être évité.

Notre conseil

Planifiez vos échéances comptables et évitez de préparer votre décompte dans l'urgence. Un rythme trimestriel bien tenu vaut toujours mieux que quatre sprints désorganisés.

En résumé

La plupart des erreurs de TVA ne sont découvertes qu'à l'occasion d'un contrôle. Pourtant, elles peuvent généralement être évitées grâce à un suivi comptable régulier. Une comptabilité bien tenue permet de sécuriser vos déclarations, limiter les corrections fiscales, respecter les échéances légales et consacrer davantage de temps au développement de votre entreprise.

Si vous voulez éviter ces cinq pièges, le plus efficace reste de confier votre tenue comptable à un fiduciaire qui les intègre par défaut. C'est le périmètre de notre formule Conta.Direct (tenue + TVA + bouclement au forfait) et notre formule Taxe.Direct (fiscalité d'entreprise). Pour aller plus loin, consultez aussi notre article sur comment se préparer sereinement à un contrôle TVA ou les obligations comptables d'une PME en Suisse.

Questions fréquentes sur la TVA en Suisse

Quand une entreprise doit-elle s'inscrire à la TVA en Suisse ?

Une entreprise doit s'inscrire à la TVA lorsqu'elle dépasse 100'000 CHF de chiffre d'affaires annuel provenant de prestations imposables en Suisse ou à l'étranger.

Quels sont les taux de TVA en Suisse en 2026 ?

Trois taux depuis le 1er janvier 2024 : 8,1 % (normal), 3,8 % (hôtelier), 2,6 % (réduit, pour livres, journaux, médicaments, certains biens essentiels).

Que se passe-t-il en cas d'erreur de TVA ?

Correction rétroactive par l'AFC, intérêts moratoires et ajustement des montants dus. Les erreurs volontairement corrigées avant contrôle sont généralement mieux traitées que celles découvertes en audit.

Peut-on récupérer la TVA sur les achats à l'étranger ?

Oui, mais uniquement via le mécanisme d'acquisition de services (autoliquidation). L'entreprise doit alors déclarer la TVA en Suisse elle-même — pas d'automatisme.

À quelle fréquence faut-il faire les décomptes TVA ?

Trimestriel en règle générale. Certaines entreprises sont soumises à un rythme semestriel (méthode des taux de dette fiscale nette) ou mensuel (créditeur permanent).

Peut-on corriger une déclaration TVA après coup ?

Oui. Dans les décomptes suivants ou via une rectification volontaire avant contrôle. Plus la correction est spontanée, moins les conséquences sont lourdes.

Sources officielles